目前PCR实验室建设要求至少应该分为三个区域，即试剂准备区、核酸制备区和PCR扩增区，如果要对扩增产物进行开放性鉴定，如杂交、电泳等操作，原则需要增加第四个区。实验室分区的主要目的是避免纯化核酸和扩增产物逆向污染前一个区域，但多年的经验表明，无论是三区还是四区的设置，似乎都没有完全杜绝实验室污染的发生。
反而罗氏COBAS“一体机”引入实验室后，乙肝20IU/ML的敏感性能够长期保持良好，极少有系统污染的发生，实验室分区的意义受到一定程度的质疑！仔细对比就不难发现，罗氏COBAS并不能避免样本交叉污染，因为这一环节是由实验室工作人员完成的，是管理问题而不是检验问题；COBAS在核酸制备过程中，经常发生核酸纯化的Tip头吹出气泡和气泡破裂的情况，虽然这种情况并不常见，但核酸纯化和试剂分配共用一个空间是事实，有研究报道，COBAS检测28个样本，有2个污染（JCM, 2011,P2854-2858），我们也从21个阴性样本中发现一个污染，COBAS的污染就像普通实验室一样存在，但令人惊奇的是，从未像普通实验室那样发生系统性污染，但有一点可以说明，气溶胶或许并不是实验室污染的主要原因。
分析我国大多PCR实验室的检测项目不难发现，近80%的实验室采用荧光PCR试剂盒进行临床检测，即这部分实验室不存在开放性核酸鉴定环节，试剂工作液的配制多在核酸制备完成后进行，依存“试剂配置与PCR扩增之间的时间越短越好”的原则，多数实验室的试剂配制均在核酸制备室完成，也就是说，试剂配制室的存在基本被忽视，了解了罗氏COBAS的操作方式，这种做法便显得无可厚非！核酸制备完成并加入PCR反应液后，移管到扩增室，由于采用封闭核酸鉴定的方法，这样扩增室的设置也同样显得多余！以罗氏COBAS为镜，临床PCR实验室是否分区便显得无足轻重了！但这并不是说PCR实验室不需要分区，因为仪器自动化控制的机械臂，与实验室操作人员的操作习惯和对规则的执行力是有着本质差别的！这或许就是经过严格分区后的实验室，污染同样存在的主要原因！
那么PCR实验室究竟应如何建设才能有利于污染的预防和有效清除？
其实污染就是PCR扩增管中掺入了原来样本不存在的扩增核酸，那么这个不受欢迎的核酸是怎么来到PCR扩增管里的？如果排除试剂盒、仪器和人员操作等环节，核酸气溶胶和洒落的样本与核酸的清除是实验室建设应该重点考虑的环节。
实验室的建设首先要有通风设置，通风是PCR实验室建设应该考虑的基本条件，如果采用封闭彩钢板建设的实验室，应进行压差设置，即自试剂准备室、核酸制备室到扩增室依次呈负压，但清洁新风应从室外引进，新风过滤网应定期更换，否则便成为污染的来源。其次是实验室墙面和地面具有防水功能，也就是墙面和地面可以水洗！每个房间设置地漏，方便“实验室的清洁”，当实验室污染发生时，即可使用“水洗实验室”的方法有效清除污染，清除过程使用的是0.2%有效氯溶液，它不但有效断裂核酸片段，而且还具有淬灭荧光基团，有利于PCR实验室荧光本底的去除。但过量使用反而会影响试剂扩增效率。消毒液清洗后应该使用自来水或清洁水进行再次清洗，特别是设备表面。实验室空气中的污染清除，可以用有效氯溶液进行喷雾。
总之，PCR实验室过度分区和分割，不但浪费空间，影响人员操作，常常不利于污染物的扩散和清除，相信在不久的将来，随着试剂盒技术的发展，一个房间可实现PCR的试剂准备、核酸纯化和PCR扩增的所有功能，而污染的预防和清除也会显得十分简单。